Tutkijat kertovat | 06/05/2021

Käytännön ongelmasta tuli idea omaan tutkimukseen 

Ilkka Kalliala kehittää tekoälypohjaista menetelmää, joka auttaisi kohdistamaan kohdunkaulan syövän hoidot oikein. Hänen mukaansa tutkimustyössä hienointa on pohtia asioita kollegoiden kanssa - ja tärkeintä on oppia muotoilemaan hyviä kysymyksiä. 

Ilkka Kallialan tutkimusaihe lähti liikkeelle käytännön pulmasta. Hän tekee kliinisessä työssään gynekologina kohdunsuun tähystyksiä eli kolposkopioita, joissa selvittää, ovatko kohdunkaulansyövän papa-seulonnassa löydetyt muutokset pahanlaatuisia. Haasteena on tietää, milloin pitäisi ryhtyä hoitoihin ja milloin kannattaisi jäädä seuraamaan tilanteen kehittymistä.

“Aiemmin kaikki papa-seulonnoissa löydetyt syövän esiasteet hoidettiin, mutta nyt on tullut lisää tutkimustietoa siitä, ettei lievimpiä kannata hoitaa. Ne voivat parantua itsestään, kun elimistön oma immuunijärjestelmä siivoaa ne pois”, Kalliala kertoo.

Syövän esiasteet voivat parantua itsestään, kun elimistön immuunijärjestelmä siivoaa ne pois.

Kohdunkaulan syövän esiasteet ilmenevät yleisimmin melko nuorilla, eniten noin 30-vuotiailla naisilla, jotka ovat vielä hedelmällisessä iässä. On tärkeää, että esiastehoidot kohdistetaan oikein, sillä tiedetään, että toimenpide voi lisätä ennenaikaisen synnytyksen riskiä. Se jopa tuplaa riskin.

Kalliala sai marraskuussa 2020 Suomen Lääketieteen säätiön apurahan, jonka avulla kehittää uutta tekoälypohjaista analyysimenetelmää avuksi toimenpidettä vaativien esiasteiden tunnistamiseksi. Ideana on, että tekoäly opetetaan havaitsemaan mikroskooppikuvista, millaiset muutokset ovat lieviä ja mitkä voisivat mahdollisesti johtaa syövän kehittymiseen.

Hyvän kysymyksen löytäminen on tärkeää

Kallialan mukaan tutkimustyössä parasta on yhdessä ajattelu ja pohtiminen.

”Tutkimuksessa on vahva sosiaalinen puoli. Mietitään yhdessä, mitä pitäisi tutkia, miten pitäisi tutkia ja mitä tämä oikeasti tarkoittaa.”

Kallialan ajatukset tutkimussuunnitelmasta muotoutuivat hänen jutellessaan patologi Anni Virtasen sekä naistentautien erikoislääkärin Karoliina Aron kanssa. Hän oli jo aiemminkin tehnyt yhteistyötä heidän kanssaan. Virtanen puolestaan oli tehnyt yhteistyötä tekoälyn hyödyntämiseen perehtyneen systeemibiologian professori Sampsa Hautaniemen ja single cell-mallinnuksen asiantuntijan dosentti Anniina Färkkilän kanssa. Yhteisissä pohdinnoissa muovautui idea tekoälyn hyödyntämisestä kohdunkaulansyövän tutkimisessa.

Kalliala rohkaisee apurahaa hakevaa pallottelemaan tutkimusideaa  kollegansa kanssa.

”Tällaiset yhteistyöverkostot ja keskustelut eri alan ihmisten kanssa ovat todella tärkeitä”, Kalliala toteaa.

Kalliala rohkaisee apurahaa hakevaa nuorta tutkijaa pallottelemaan tutkimusideaa kollegansa tai yhteistyökumppanin kanssa. Usein ideat paranevat, kun lyödään viisaat päät yhteen. Hänen mukaansa monesti vaikeus on siinä, että pitää osata kysyä hyvä kysymys. Myös sen muotoileminen voi olla yhdessä helpompaa.

”Hyvän tutkimuskysymyksen löytäminen on todella tärkeää. Jos ei ole selkeää, hyvää kysymystä, siihen on vaikea löytää selkeää, hyvää vastausta.”

Tarvitaan rahoitusta ja mahdollisuuksia käyttää sitä

Kalliala itse on siitä onnekkaassa asemassa, että on saanut tutkimusprojekteihinsa hyvin rahoitusta viime vuosina. Hän työskentelee Suomen Akatemian kliinisenä tutkijana puolet työajastaan. Lääketieteen säätiön apurahan ansiosta rahoitusta saadaan myös tutkimushankkeen muille tutkijoille ja kustannuksiin.

”Olen kiitollinen kaikille rahoittajille. Monille kliinistä tutkimusta tekevälle lääkäreille tutkimustyön ja kliinisen työn tasapainottaminen on todella haastavaa. Tarvitaan rahoitusta ja myös mahdollisuus käyttää sitä tutkimustyön tekemiseen. Muutoin tutkimusta tehdään töiden jälkeen ja yötä myöten.”

Ilman rahoitusta tutkimusta tehdään töiden jälkeen yötä myöten.

Joka toisen viikon Kalliala työskentelee kliinisenä opettajana. Opetusviikoilla hän opettaa kandeja sekä tekee kliinistä työtä.

”Kliininen työ on tärkeää tutkimuksen kannalta, sillä sitä kautta nousee esiin hyviä, potilaiden hoidossa merkittäviä kysymyksiä.”

 

TIETONURKKA

Kohdunkaulan syöpä on etenkin nuorten naisten sairaus

— Kohdunkaulan syöpään sairastuu elämänsä aikana viisi naista tuhannesta. Tautiin kuolee vuosittain noin 50-70 suomalaisnaista.

— Taudin esiintymishuippu on noin 30-40-vuotiaana, toinen 60-70 vuoden jälkeen.

— Papilloomavirus aiheuttaa taudin tekemällä kohdunkaulalle solumuutoksia. Syövän esiasteet voidaan havaita kohdunkaulalta papa-kokeessa otettavasta irtosolunäytteestä. Niitä todetaan ja hoidetaan vuosittain noin 2000 naiselta.

— Kaikki esiasteet eivät kehity syöväksi. Tilannetta tutkitaan tarkemmin mikroskoopin avulla kohdunkaulan tähystyksessä eli kolkoskopiassa, jossa otettuihin koepaloihin esiasteiden diagnostiikka perustuu.

— Kalliala selvittää tutkimuksessaan, voitaisiinko tekoälyn avulla ennustaa koepaloista kehittyykö esiasteesta syöpä vai paraneeko papilloomaviruksen aiheuttama muutos itsestään.

 

Teksti: Mari Heikkilä

Ilkka Kalliala

Sai Suomen Lääketieteen säätiön Tulevaisuuden uhat -apurahan marraskuussa 2020.

Työ: naistautien ja synnytysten erikoislääkäri, dosentti, HUS naistentaudit ja synnytykset,
honorary clinical senior lecturer, Department of Metabolism, Digestion and Reproduction, Faculty of Medicine Imperial College London.

Koulutus: LL 2007, LT 2011, erikoislääkäri 2020, Helsingin Yliopisto.

Harrastukset: tennis, jalkapallo, padel.

Lahjoita lääketieteen tutkimukseen